En una relación sobre los convenios franciscanos, escrita por Fray Francisco de Zuaza, en 1689, se indica que uno de los cinco poblados que dependían de dicho convento era el de San José, situado a una legua de Sololá, con 290 habitantes caqchiqueles. El cronista Francisco Antonio de Fuentes y Guzmán, en su obra “Recordación Florida” (1690), señala que San Joseph Chacayá era un pueblo de corto y pobre número de vecinos, con solamente 73 tributarios, que dependían del convento de Tecpán Atitlán. El arzobispo Pedro Cortéz y Larraz, en la crónica de su visita pastoral de los años 1768 a 1770, menciona que San Jose Chacayá era un pueblo anexo a la parroquia de Sololá que contaba con 1332 habitantes.

Durante el período colonial, San José Chacayá perteneció al corregimiento de Tecpán Atitlán, que a partir de 1720 integró, junto con el corregimiento de Atitlán, la Alcaldía Mayor de Sololá. En 1872, cuando fue creado el departamento de, el Quiché, entre los 21 municipios que permanecieron en Sololá aparece el de San José Chacayá

Los habitantes del municipio relatan como historia popular, la existencia de oro en el cerro de las Minas y que a consecuencia de disturbios religiosos ocasionados por el párroco de aquel entonces, a quién le atribuían cualidades de transformarse en animal, Characot, que significa persona que se convierte en animal nocturno provocando muchos daños a la población, robando en las noches. Cuando la población quiso investigar el motivo de los problemas, el párroco informó que el culpable era el patrono de San José. Ordenando a los Chajales de la iglesia su incineración.

Después de tal acto, el cerro de las Minas se quemó, hubo grandes catástrofes, enfermedades, por lo que la población tuvo que emigrar a otros lugares. Se quedaron solamente 8 familias. Esto sucedió aproximadamente hace 204 años. Actualmente antropólogos estudiosos analizan las estructuras geológicas del cerro de las Minas, para verificar alguna señal de existencia de oro.

El patrono de San José apareció en Momostenango. Llevando bienestar económico y social en aquel Municipio. El Municipio fue afectado por el terremoto del 4 de febrero de 1976, causando daños materiales. Recibió apoyo de Cáritas Arquidiocesana y del Comité de Reconstrucción Nacional, para la reconstrucción del Municipio. Como consecuencia la iglesia colonial sufrió daños considerables, que hasta la fecha se están reparando. Entre las inauguraciones más importantes se destaca la introducción de energía en el año de 1942. Suministrado por el sistema regional de Santa María distrito de Totonicapán, este sistema fue reemplazado hasta el año de 1997.